Процесс подписания документов идентичен подписанию в других ПО и сайтах.
Если у Вас возникли сложности с подписанием документа, то проверьте, установлен ли плагин КриптоПро - в настройках Вашего браузера или воспользуйтесь браузером, в котором ведете работу с ЭЦП постоянно.